El Sistema de Salud Provincial está conformado por tres subsistemas: público, privado y las obras sociales y prepagas. 

El subsector público comprende un nivel central normativo y de conducción general y una red integrada por los establecimientos prestadores de servicios, organizados en distintas Regiones, que constituyen instancias de gestión y administración.

El nivel central es liderado por la Subsecretaría de Salud, dependiente del Ministerio de Salud. Ambos ejercen su función de conducción hacia las Jefaturas de Zonas Sanitarias.

La Red de Atención del Sistema de Salud público provincial está integrada por 233 establecimientos sanitarios: 30 hospitales (1172 camas), 86 centros de salud (urbanos y rurales), 108 puestos sanitarios y 9 centros de día. 

En el ámbito privado, el Sistema cuenta con 12 establecimientos con internación (700 camas).

Organización regional

El territorio de la provincia se divide en regiones sanitarias. Es un modelo organizacional regionalizado e integrado, compuesto por una red de establecimientos escalonados es niveles de complejidad creciente agrupados en siete Regiones Sanitarias. A continuación, se listan cada una de las regiones con los Municipios y Comisiones de Fomento que nuclean.

• Norte: Tricao Malal, Chos Malal, Las Ovejas, El Cholar, El Huecú, Loncopué, Andacollo, Huinganco, Villa del Nahueve, Manzano Amargo, Taquimilan, Villa del Curi Leuvú, Los Miches, Varvarco, Chorriaca, Guañacos, Caviahue, Copahue.
• Comarca Petrolera: Cutral Co, Plaza Huincul, Mari Menuco.
• Confluencia: Neuquén capital, Plottier, Senillosa, Centenario, Villa El Chocón, Arroyito.
• Limay Medio: Picún Leufú, Hospital Piedra del Águila, Paso aguerre, Santo Tomas, El Sauce.
• Centro Oeste: Las Lajas, Bajada del Agrio, Mariano Moreno, Zapala, Aluminé, Las Coloradas, Quili Malal, Los Catutos, Ramón Castro, Villa Pehuenia, Moquehue.
• Sur: Junín de los Andes, San Martín de los Andes, Villa la Angostura, Villa Lago Meliquina, Villa Traful.
• Vaca Muerta: Buta Ranquil, Rincón de los Sauces, Añelo, San Patricio del Chañar, Barrancas, Octavio Pico, Aguada San Roque.

Cada región sanitaria brinda el servicio de salud a través de un Hospital de Referencia Provincial de máxima complejidad, que es de referencia interregional y regional, teniendo cada uno de ellos una delimitación geográfica de población a cargo abordando del primer al tercer nivel de atención. 

La organización provincial en Regiones Sanitarias permite evaluar más cerca de la gente las necesidades y problemas de la salud. La caracterización de las Regiones a través de indicadores permite adaptar las acciones para dar una respuesta oportuna y adecuada a las necesidades de las comunidades. Los jefes Regionales Sanitarios y los Referentes Políticos de las Regiones tendrán una hoja de ruta para gestionar recursos humanos, físicos y económicos que permitan dar la respuesta necesaria para la población a cargo.