El Sistema de Salud Provincial está conformado por tres subsistemas: público, privado y las obras sociales y prepagas. 

El subsector público comprende un nivel central normativo y de conducción general y una red integrada por los establecimientos prestadores de servicios, organizados en distintas Regiones, que constituyen instancias de gestión y administración.

El nivel central es liderado por la Subsecretaría de Salud, dependiente del Ministerio de Salud. Ambos ejercen su función de conducción hacia las Jefaturas de Zonas Sanitarias.

La Red de Atención del Sistema de Salud público provincial está integrada por 233 establecimientos sanitarios: 30 hospitales (1172 camas), 86 centros de salud (urbanos y rurales), 108 puestos sanitarios y 9 centros de día. 

En el ámbito privado, el Sistema cuenta con 12 establecimientos con internación (700 camas).

Organización regional

El territorio de la provincia se divide en regiones sanitarias. Es un modelo organizacional regionalizado e integrado, compuesto por una red de establecimientos escalonados es niveles de complejidad creciente agrupados en siete Regiones Sanitarias. A continuación, se listan cada una de las regiones con los Municipios y Comisiones de Fomento que nuclean.

• Alto Neuquén:  Chos Malal, Andacollo, Las Ovejas, Loncopué, El Cholar, El Huecú,   Huinganco, Los Miches, Taquimilán, Tricao Malal, Caviahue, Copahue, Chorriaca, Coyuco Cochico, Los Guañacos, Manzano Amargo, Varvarco – Invernada Vieja, Villa del Nahueve,  Villa del Curi Leuvú,  
• de la Comarca : Cutral Co, Plaza Huincul, Sauzal Bonito. 
• Confluencia: Neuquén capital, Plottier, Senillosa, Centenario, Villa El Chocón, Vista Alegre, Arroyito.
• del Limay : Picún Leufú, Piedra del Águila, El Sauce, Paso aguerre, Santo Tomas.
• del Pehuén: Zapala, Aluminé, Las Lajas, Mariano Moreno, Villa Pehuenia, Moquehue, Bajada del Agrio, Las Coloradas, Covunco, Los Catutos, Quili Malal, Ramón Castro, Villa del Puente Picún Leufú. 
• de los Lagos del Sur: Junín de los Andes, San Martín de los Andes, Villa la Angostura, Villa Lago Meliquina, Villa Traful, Pilo Lil.
• Vaca Muerta: San Patricio del Chañar, Rincón de los Sauces, Buta Ranquil,  Añelo, Barrancas, Octavio Pico, Aguada San Roque, Los Chihuidos. 

Cada región sanitaria brinda el servicio de salud a través de un Hospital de Referencia Provincial de máxima complejidad, que es de referencia interregional y regional, teniendo cada uno de ellos una delimitación geográfica de población a cargo abordando del primer al tercer nivel de atención. 

La organización provincial en Regiones Sanitarias permite evaluar más cerca de la gente las necesidades y problemas de la salud. La caracterización de las Regiones a través de indicadores permite adaptar las acciones para dar una respuesta oportuna y adecuada a las necesidades de las comunidades. Los jefes Regionales Sanitarios y los Referentes Políticos de las Regiones tendrán una hoja de ruta para gestionar recursos humanos, físicos y económicos que permitan dar la respuesta necesaria para la población a cargo.